却说达瓦齐就俘后，清师奉旨凯旋，只留班第、鄂容安两人，带了随兵五百名，与阿睦撤纳办理伊犁善后事宜。
阿睦撤纳移檄邻部，讳言降清，阳称清廷命他统领各番，来平此地。又暗嘱党羽四布流言，欲安准部，必须立阿睦撤纳为大汗。班第、鄂容安遣使密奏，乾隆帝亦付他密旨，令诱诛阿睦撤纳。看官！你想阿睦撤纳率众西行，已似大鱼纵壑，那里还肯来入网呢？况班第、鄂容安，手下只有五百名随兵，也不好冒昧举事。接了朝旨，按住不发，惟促阿睦撤纳入朝。阿睦撤纳竟号召徒众，来攻班第、鄂容安。班第、鄂容安且战且走，驰了三百余里，死的死，逃的逃，只剩了数十骑，番兵却有数千追来。班第料不能脱，拔刀自刎，鄂容安也只得步他后尘了。（这是乾隆帝害他。）
是时，定西将军永常，已奉朝旨出驻木垒，闻报番兵大至，退军巴里坤，移粮哈密，因此阿睦撤纳声焰愈盛。清廷逮回永常，命公爵策楞前代，玉保、富德、达尔党阿为参赞，出巴里坤进剿。玉保分军先进，忽有番卒来报，阿睦撤纳已由他部下诺尔布擒献。玉保大喜，即向策楞处报捷。策楞也不辨真伪，飞章奏闻。不想过了数日，毫无影响。将军参赞先后驰至伊犁，阿睦撤纳已远扬至哈萨克了。原来阿睦撤纳闻大兵前进，恐不能敌，特差了番卒，驰到清营，假称被擒，他却望西遁去。策楞、玉保中了他的缓兵计，到了伊犁，你怨我，我怨你，怨个不了，总归无益。（策楞、玉保统是没用人物，还亏阿睦撤纳不用诱敌计，用缓兵计，尚得安抵伊犁。）
乾降帝闻知消息，复将策楞、玉保革职。令达尔党阿为将军，飞速追剿，又命巴里坤办事大臣兆惠，为定边右副将军，出兵赴援。满望旗开得胜，马到成功，谁知达尔党阿到哈萨克边界，又被阿睦撤纳骗了一回。佯称哈萨克汗愿擒献阿酋，往返驰使，仍无要领，额鲁特三部新封台吉，反一律谋变，与阿睦撤纳通同一气。阿睦撤纳间道驰还，大会诸部，这达尔党阿还在哈萨克边境，檄索罪人，真是可笑。只定边右副将军兆惠，率兵千五百人，已至伊犁，探得额尔特诸部，已皆叛『乱』，自知孤军陷敌，不能久驻，忙领兵驰回。沿途一带，统是敌垒，兆惠拚命冲突，走一路，杀一路，杀到乌鲁木齐，刀也缺了，弹也完了，粮也尽了，可怜这等兵士，身无全衣，足无全袜，每日又没有全餐，只宰些瘦驼疲马，勉强充饥。正苦的了不得，老天又起风下雪，非常严冷，兆惠想遣人乞援，也不知何处有清兵。驿传声息，到处隔断，忽闻番兵又踊跃前来，把乌鲁木齐围得铁桶相似。兆惠泣向军士道：“事已至此，看来我辈是不得活了。但死亦要死得合算，狠狠的杀他一场，方值得死哩。”军士道：“大帅吩咐，安敢不从！但粮尽马疲，奈何？”正在危急，忽东北角鼓声喧天，有一支兵马到来，兆惠登高一望，遥见清军旗帜，不禁大喜，谢天谢地。番众见援兵已到，不知有多少大兵，一声吆喝，解围而去。（番众实是无能。）兆惠出寨迎接，乃是侍卫图伦楚，因兆惠久无音信，率兵二千来探信息，无意中救了兆惠。兆惠与他握手进营，住了一日，便同回巴里坤，当下飞书告急。
乾隆帝命逮达尔党阿回京，授超勇亲王策凌子成衮扎布，为定边左副将军，出北路，仍令兆惠出西路往剿。
此次兆惠惩鉴前辙，挑选精骑，带足粮草，誓师进发，决平叛寇。巧值绰罗斯部噶尔藏汗，被兄子噶尔布篡弑，噶尔布又被部下达瓦杀死，辉特、和硕特两部中，痘疫盛行，多半死亡。兆惠趁这机会，杀将过去，好像摧枯拉朽一般。番众战一阵，败一阵，诸部酋长先后败死，阿睦撤纳又弄得仓惶失措，急急如丧家犬，漏网鱼，仍窜至哈萨克。
兆惠率兵穷追，到哈萨克界，哈萨克汗阿布赍，遣使至军，愿擒献阿睦撤纳。兆惠对来使道：“你主愿擒献阿逆，须于三日内缴到，过了三日，本将军恰是不依，驱兵进攻，玉石俱焚，那时不要后悔！”来使唯唯而去。越二日，哈萨克又遣使到军，报称阿睦撤纳狡黠万状，我国正欲擒献，不料被他走脱，逃入俄罗斯去了。现奉汗命，前来请罪，并贡献方物，仰求大帅赦宥！“兆惠见他惶迫情状，料知语言无欺，只得略加训斥，命他回去。一面即飞奏清廷，由理藩院行文俄国，索交叛酋。后来俄国饬人搜捕，阿睦撤纳已患痘身亡，只把尸首送交清吏。
于是命成衮扎布，归镇乌里雅苏台，留兆惠搜剿余孽。
自乾隆二十二年至二十五年，清兵先后追剿，自山谷僻壤及川河流域，没一处不寻到，没一处不搜灭。统计额鲁特二十余万户，出痘死的约四成，窜走俄罗斯、哈萨克等处约两成，被清兵剿灭的约三成，还有一成编入蒙古籍，不过两万户，而且『妇』女充赏，丁壮为奴，额鲁特遗民，自此寥落了。（阿睦撤纳料是绝大的扫帚星转世。）
准部既平，清廷乃划疆分土，设官筑城。驻防用满兵，屯粮用旗兵，特简任伊犁将军，作了一个统辖的元帅，天山北路，方入清室版图；又免不得镌碑勒石，旌德表功，费了几个儒臣笔墨，成了几篇煌煌大文，这也不消细说。但乾隆帝得陇望蜀，平了准部，又想南服回疆。
这回疆就在天山南路，与准部只隔一山。起初系元太祖次子察哈台领土，传了数世，回教祖摩诃末子孙，由西而东，争至天山南路，生齿渐蕃，喧宾夺主，察哈台的后裔，反弄到没有主权，因此天山南路，变作回疆。
康熙时，噶尔丹强盛，举兵南侵，把元裔诸汗，迁到伊犁，并将回教头目阿布都实特，亦拘去幽禁。噶尔丹败死，阿布都实特脱身归清，圣祖赏他衣冠银币，遣官送到哈密，令还故地。阿布都实特死，其子玛罕木特，想自立一部，不受准噶尔约束，策妄又遣兵入境，将玛罕木特及他两个儿子，统拿至伊犁，幽禁起来。及清将军班第等到伊犁后，玛罕木特已死，长子那布敦、次子霍集占尚被拘絷。班第奏闻清廷，得旨释布那敦，归叶尔羌，令他统辖旧部，留霍集占居住伊犁，职掌教务。不到数月，阿睦撤纳谋反，准部复『乱』，霍集占反率众助逆，等到清副将军兆惠，攻入伊犁，阿睦撤纳西走，霍集占亦遁入回疆。
兆惠剿平准部，奏遣副都统阿敏图，南往招抚。这个那布敦胆子颇小，愿遵清朝指挥，偏偏胞弟霍集占，自北路遁归，谏那布敦道：“我远祖摩诃末，声灵赫濯，天下闻名，传到我辈子孙，反受人家压制，真是惶愧万分。现在准部已亡，强邻消灭，不谋独立，更待何时？”（语颇不错，可惜不度德，不量力。）那布敦道：“清兵来攻，如何抵挡？”霍集占道：“清军新得准部，大势未定，料他无暇进兵，就使率军南来，我也可据险拒守，等他兵疲粮绝，逃去都来不及，怕他什么？”那布敦尚在迟疑，霍集占又道：“哥哥若要降清，恐怕从今以后，世世要做奴仆。他要我的金钱，我只得将金银奉去；他要我的妻子，我只得将妻子送去；他要我的头颅，我也只得把头颅献去。我们兄弟两人，还有安静的日子么？”（我亦要问霍集占道：“你不降清，金银管得住么？妻子守得牢么？头颅保得定么？这叫做自去寻死。）那布敦被他说得动心，遂依了阿弟的计划，（错了，完了。）便召集回众，自立为巴图尔汗，传檄各城，戒严以待。”
回户数十万众，向来『迷』信宗教，因那布敦兄弟，是摩诃末后裔，称他为大小和卓木。和卓木三字，乃是回语，译作汉文，便是圣裔的意义，至此得了圣裔的檄文，自然望风响应。
只库车城主鄂对，恐怕强弱不敌，率了党羽，拟奔伊犁。途次与阿敏图相遇，仍令回转库车，同去招抚。不料霍集占闻鄂对出走，已遣部下阿布都驰到库车，把鄂对亲族一一杀死，登陴固守。鄂对闻报，大哭一场，嗣与阿敏图商议，请亟归伊犁，添兵复仇。阿敏图道：“我是奉命招抚，今不见叛众，便想回去，叫我如何对将军？”鄂对再三谏阻，阿敏图只是不从，（也是一个不识时务。）且令鄂对先回伊犁。他只带了百余骑，驰到库车，阿布都诱他入城，一阵『乱』剁，恁你阿敏图如何忠诚，也入阎罗宝殿去了。
清廷因兆惠剿抚准部，尚未竣事，别命都统雅尔哈善为靖逆将军，率兵征回。雅尔哈善自吐鲁番进攻库车，大小和卓木引军数千，越大戈壁来援，与清兵战了两次，都被打得落花流水，大小和卓木，退入城中。清兵乘势围攻，城坚难拔，提督马得胜，募敢死兵六百名，暗掘地道，昼夜不息。将及城中，守兵闻地下隐有响声，料是穿『穴』，便循途按索，到了城脚边，掘下一洞，适通地道守兵，把草塞住，用火燃着，烟焰冲入『穴』中，可怜六百个清兵，不能进，不能退，被烧得乌焦巴弓。（好像竹管里煨泥鳅。）雅尔哈善经此大创，不敢力攻，大小和卓木乘机遁还，阿布都也率众逃去。清兵只得了一个空城，乾隆帝闻知大怒，饬将雅尔哈善、马得胜等，尽行正法。仍命兆惠移师南征。
兆惠檄调各路兵，尚未到齐，因朝旨催促，即率步骑四千余先进。过了天山，收复沙雅尔、阿克苏、乌什等城。住阿克苏城数日，后兵未至，兆惠『性』急如火，留副将军富德驻阿克苏，等待后军，他竟带了二三千人，冒险前行。途中侦知大和卓木那布敦在叶尔羌，小和卓木霍集占在喀什、噶尔，乃再分兵八百名，使副都统爱隆阿，遏住喀什、噶尔援路，自率千余骑，径趋叶尔羌。
叶尔羌城东有河，叫作叶尔羌河，亦称黑水，兆惠兵少，不能进攻，便倚水立营。遥见叶尔羌城南驼马往来，是个阔大的牧场，兆惠欲夺作军用，径命兵士渡河。河上本有木桥，清兵跨桥而过，（桥未拆断，诱敌可知。）方过了四百骑，谁知桥下暗有伏兵，铙钩齐起，将木桥钩断，城中出回兵五千骑，前来邀击。隔河清兵，不能相救，河西四百骑，那里挡得住回兵？急忙弃了马匹，凫水逃回。（贪小失大。）回兵复搭好了桥，逾桥东来，后面又添了步兵万人，张着两翼，来围清兵。兆惠左右冲突，马中枪，再毙再易，总兵高天喜战殁，参赞明瑞亦受伤，虽杀了番兵千名，究竟众寡悬殊，支持不住，只得退入营中，赶紧筑垒，准备固守。番兵亦筑起长围，四面攻打，枪炮如雨。幸亏清营靠着丛林，枪弹多飞入林中，清兵伐树，得了铅弹数万枚，还击回兵，又复掘井得水，掘窖得粟，赖以不困。兆惠遣了五卒，分路赴阿克苏告急，又檄爱隆阿还军阿克苏，催援军同至。